Территория включает в себя прибрежную полосу и полосу акватории оз. Кулундинского шириной 500 м (от высокого коренного берега озера). Остальная акватория оз. Кулундинского в территорию заказника не входит. Урочища Токарев Мыс (Кызыл-Ту) и Остров, акватория залива, омывающего эти территории с юга и востока, в территорию заказника не входят. В территорию заказника не входят также акватория, территория оз. Кулундинского и других водных объектов, арендуемых Министерством обороны Российской Федерации.