Граница двухкилометровой охранной зоны Кава-Челомджинсного лесничества начинается от первого прижима р. Челомджа на расстоянии двух километров вверх по левому берегу от слияния с р. Кава и доходит до слияния с р. Бургагылкан и далее вдоль границы заповедника до границы с Хабаровским краем. В охранную зону входят:
Охранная зона Ольского лесничества охватывает двухкилометровую полосу акватории вдоль побережья от мыса Плоский до двух безымянных ручьев, впадающих в Охотское море в 8 км восточнее р. Антары.
Охранная зона Ямского лесничества охватывает двухкилометровую полосу акватории вдоль побережья полуострова Пьягина и Ямских островов (Матыкиль, Коконце, Атыкан, Баран, Катемалью).
Охранная зона Сеймчанского лесничества включает русло р. Колымы (правую сторону от фарватера, не вошедшую в заповедник) до крайней правой протоки.
В пределах охранной зоны заповедника запрещается хозяйственная и иная деятельность, отрицательно влияющая на природные объекты и комплексы заповедника. Режим охранной зоны определяется администрацией Магаданской области.