Основные ограничения хозяйственной и иной деятельности:
- рубка леса;
- рыбная ловля;
- охота;
- натаска собак для охоты;
- применение ядохимикатов и удобрений;
- туризм и отдых, а также устройство мест для такового;
- любое строительство производственного и непроизводственного назначения;
- разработка грунтов;
- сбор лекарственных растений, кроме мест, специально отведенных для этих целей.
Основные разрешенные виды природопользования и иной хозяйственной деятельности:
- сенокошение;
- проживание людей в определенном месте;
- сбор грибов, ягод в местах, кроме ограниченных для научно-исследовательских работ заповедника;
- прокладка дорог;
- в кварталах 124, 131, 132, 138, части 139, 145, 152 охота на водоплавающую дичь, рыбная ловля в установленные сроки и разрешенными способами Сахалинской области.
До развертывания научно-исследовательских работ заповедником установить особый режим по участку в районе оз. Невское, а именно: разрешить охоту на пролетную дичь в установленные сроки по области, но исключить сенокошение по мысу Невский вплоть до пролива для проведения научно-технических работ и стационарных наблюдений.