Заказник «Корабельная чаща» расположен далеко от населенных пунктов, поэтому воздействие деятельности человека на экосистемы, находящиеся под особой охраной, минимально. Тем не менее, на территории резервата выявлены охотничьи избушки и локальные участки загрязнения бытовым мусором. В южной части заказника проходит заброшенная лесная дорога.