Антропогенное воздействие на животный мир заказника отмечалось практически на всем протяжении как магистрального русла р. Нем, так и на основных притоках (Ын, Кукью, Сисью), куда можно добраться в летнее время на лодках, а зимой на снегоходах. По берегам отмечены многочисленные охотничьи и рыболовные избушки. Производится охота и рыбная ловля. Наиболее интенсивно антропогенное воздействие отмечено в низовьях реки Нем от устьевой части до впадения рек Кукью и Сисью. Антропогенное воздействие на растительный покров особенно заметно в нижнем течении р. Нем, в основном – в окрестностях дер. Краснояр. Большие площади здесь занимают заброшенные и используемые поныне местным населением сенокосные луга, зарастающие пашни. На этом же участке в территорию резервата входит край карьера по добыче известняка. Во время обследования в 2000 г. карьер был позиционирован лесничеством как заброшенный, однако в 2012 г. добыча известняка продолжалась. Сюда же везут и сваливают остатки от процесса деревообработки.