Негативные факторы, воздействующие на природные комплексы заказника в настоящее время, – вынос значительного количества загрязняющих веществ по реке Печоре, формирование речного стока которой происходит преимущественно на территории Республики Коми, где есть крупные промышленные узлы, а также браконьерский вылов сиговых.