Зона покоя (заповедное ядро) занимает половину центральной части, северную, восточную и южную части заповедника.
Внешняя граница зоны покоя и зоны взаимодействия совпадает с границей заповедника, а граница между этими зонами проходит от северо-западного угла квартала 54 на восток по просеке между кварталами 30-54, далее на север по просеке 30-31 до дороги, по дороге на восток до р.Вишня, на юг по р.Вишня до впадения р.Песчанка, по р.Песчанка на восток до просеки 31-32, далее на юг по просеке между кварталами 31-32, 55-56 до северо-западного угла квартала 84. От северо-западного угла квартала 84 граница между зоной покоя и зоной взаимодействия проходит по просеке между кварталами 56-84, 57-85, 58-86, 59-87 до северо-восточного угла квартала 87, затем на юг по просеке между кварталами 87-88 до р.Малая Черная и по р.Малая Черная до восточной границы квартала 113. Далее на юг по просеке между кварталами 113-114, 140-141, 165-166 до р.Большая Черная, затем граница идет на запад по левому берегу р.Большая Черная до слияния с р.Малая Черная и далее по левому берегу р.Черная до восточной просеки квартала 180. От места пересечения р.Черной восточной просеки квартала 180 граница зоны покоя и зоны взаимодействия поворачивает на юг и идет по просеке между кварталами 180-181, 195-196, 206-207 до р.Керженец. Далее граница зоны покоя по р.Керженец идет на юг, а граница зоны взаимодействия - на север, совпадая с границей заповедника.
На территории зоны покоя запрещается любая деятельность, кроме осуществления мероприятий, направленных на:
Для отопления кордонов, расположенных в зоне покоя, сотрудникам заповедника разрешается подбор валежа в 500-метровой полосе вокруг кордонов (приложение 2 Положения).