Участок I - 3022,4 га. Болото Горское, карстовое озеро Горское, примыкающие к ним участки высоковозрастных хвойно-широколиственных лесов, сосновых боров, ельников. Местообитание видов, занесенных в Красную книгу Российской Федерации: башмачка настоящего и мнемозины, а также видов, занесенных в Красную книгу Нижегородской области: водяники черной (единственное место произрастания в регионе), клюквы мелкоплодной, дремлика болотного, ночниц водяной и Брандта, орла-карлика, серого журавля, махаона. Включает следующие лесные кварталы:
Участок II - 320,7 га. Типичный участок высоковозрастных сосновых боров и пойменных черноольшаников, местообитание аполлона, занесенного в Красную книгу Российской Федерации. Включает следующие лесные кварталы:
Участок III - 2711,9 га. Северную часть ОЗУ занимают типичные участки высоковозрастных сосновых боров (вейниковых, ландышевых, орляковых, беломошников и остепненных) и карстовые озера Большое Унзово, Нарша, Киркидеево, Большая и Малая Кривовки. Представлены также высоковозрастные хвойно-широколиственные леса. В южной части расположено болото Развино и эталонный участок пойменной дубравы. Местообитание видов, занесенных в Красную книгу РФ: выхухоли, филина, серого сорокопута, аполлона, а также видов, занесенных в Красную книгу Нижегородской области: малой вечерницы, прудовой и водяной ночниц, лесного нетопыря, орла-карлика, серого журавля, бородатой неясыти, седого дятла, обыкновенной гадюки, подалирия, переливницы большой, шмеля мохового, наяды малой, осоки малоцветковой, ивы черниковидной, чабреца обыкновенного. Включает следующие лесные кварталы:
Участок IV - 2067,7 га (гослесфонд - 1724,0 га, госземзапас - 343,7 га). Включают эталонный участок хвойно-широколиственных лесов с многочисленными и разнообразными проявлениями карстовых процессов, систему Пустынских озер, а также типичные участки сосновых боров, низинных черноольховых болот и пойменных дубрав. Местообитание видов, занесенных в Красную книгу РФ: выхухоли, гигантской вечерницы, большого подорлика, змееяда, сапсана, филина, серого сорокопута, аполлона, мнемозины, пчелы-плотника, башмачка настоящего, пыльцеголовника красного, чилима, лобарии легочной, грифолы зонтичной, а также видов, занесенных в Красную книгу Нижегородской области: лесного нетопыря, рыжей вечерницы, ночниц прудовой, водяной и Брандта, малой выпи, орла-карлика, мородунки, клинтуха, глухой кукушки, сизоворонки, обыкновенного зимородка, седого и трехпалого дятлов, ястребиной славки, мухоловки-белошейки, ранатры, кобылки бескрылой, жужелицы блестящей, копра лунного, плавунца широчайшего, подалирия, переливницы большой, перламутровки малинной, сатира-дриады, шмелевидок скабиозовой и жимолостной, пядениц сетчатой и лунной, шмелей мохового, плодового и пластинчатозубого, паука-серебрянки, баранца обыкновенного, хвоща камышкового, ужовника обыкновенного, гроздовников виргинского и полулунного, голокучника Роберта, пузырника судетского, диплазия сибирского, наяды малой, рдестов волосовидного, длиннейшего и фриса, роголистника крылатого, манника литовского, башмачка крапчатого, ладьяна трехнадрезного, цмина песчаного, батрахоспермума четковидного, герициума разветвленного. Включает следующие лесные кварталы и земли запаса:
Участок V - 481,0 га. Включает следующие лесные кварталы:
В особо защитных участках заказника, кроме того, запрещаются: